ซอร์ดอาร์ตออนไลน์ เป็นครึ่งหลังของภาค Sword Art Online Alicization คิริโตะ รับงานเป็นผู้ทดสอบระบบ FullDive รุ่นที่ 4 Soul Translator ซึ่งทำให้เขาไปอยู่ในโลกเสมือน Underworld ที่เวลาเดินเร็วกว่าโลกความเป็นจริง 1,000 เท่า เขาได้ใช้ชีวิตในนั้นตั้งแต่เด็ก จนใช้เวลาร่วม 11 ปี แต่ความทรงจำเหตุการณ์ต่างๆ กลับถูกผนึกไว้หลังกลับสู่โลกเดิม จนวันหนึ่ง คิริโตะบาดเจ็บสาหัสจาก Johnny Black (อดีตสมาชิกของ Death Gun ที่รอดอยู่) ต่อหน้าอาสึนะ ผลจากยาฉีดเข้าร่าง ทำให้เขาหยุดหายใจ แม้จะช่วยทำให้หัวใจเต้นอีกครั้ง แต่เกิดความเสียหายทางสมองจากขาดอ๊อกซิเจนเป็นเวลานาน คิริโตะอยู่ในอาการโคม่าไม่ได้สติ มีกลุ่มคนที่ใช้อุปกรณ์ Soul Translators พาเขาไปรักษา ซึ่งทำให้เขาได้ความทรงจำเดิมในโลก Underworld กลับไปผจญภัยในโลกนั้น จนกว่าจะมีหนทางพาเขากลับมาโลกเดิมได้