Shuumatsu no Harem อวสานฮาเร็มสิ้นโลก ในปี 2040 ถึงเทคโนโลยีที่ล้ำหน้า แต่ก็เกิดปัญหาเมื่อมีไวรัสปริศนา MK (Male Killer) ที่ทำให้ผู้ชายตายจนเกือบหมดโลก ผ่านไป 5 ปี เรย์โตะ และผู้ชายอีก 4 คน ที่เคยหลับไปจากโคลด์สลีปก่อนเหตุการณ์นั้น ได้ลืมตาตื่นขึ้นมาจากการแช่แข็ง มีภูมิต้านทานไวรัสปริศนานี้ กลายเป็นความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติที่จะสืบเผ่าพันธุ์ต่อไปได้