Kokoro Connect เชื่อมหัวใจ สลับร่างอลเวง ได้เกิดปรากฏการณ์ประหลาดขึ้นกับสมาชิกชายหญิง 5 ของชมรมวิจัยวัฒนธรรมแห่งโรงเรียนมัธยมปลายยามาโบชิ เมื่อทั้งหมดเกิดสลับร่างระหว่างกันขึ้น ผลจากการนั้นนำมาสู่การเปิดเผยเบื้องลึกที่มองไม่เห็นจิตใจของแต่ละคนขอเชิญพบเล่มแรกของการ์ตูนที่ดัดแปลงมาจากนิยายขายดีของแฟมิซือบุงโกะได้แล้ว