UQ Holder! Mahou Sensei Negima! 2 เป็นเรื่องราวต่อจาก เนกิมะ ในทศวรรษที่ผ่านมานับตั้งแต่โลกเริ่มตระหนักถึงการดำรงอยู่ของเวทมนตร์โลก ก็ทำให้ได้เกิดความวุ่นวายขึ้นมากมาย แต่อย่างไรก็ตาม… เด็กผู้ชายคนหนึ่งที่ชื่อ โทวตะอาศัยอยู่ในความสันโดษในเมืองชนบทอันแสนห่างไกลจากการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ ชีวิตปกติของเขาได้รับการฝึกสอนโดยครูสาวผู้ที่ใช้เวทมนตร์และมีเพื่อนที่คอยสร้างสีสันให้กับเขา