Zetsuen no Tempest ปมปริศนา ศึกมหาเวทย์ เกี่ยวกับเรื่องราวหลายปีก่อน เกิดเหตุฆาตกรรมคนในครอบครัวและน้องสาวของ ฟุวะ มาฮิโร่ โดยที่หาตัวฆาตกรไม่เจอ และในวันหนึ่งเขาก็ได้หายตัวไปจากโรงเรียน เวลาผ่านไปนาน หลังจากมาฮิโร่หายตัวไป โยชิโนะ เพื่อนสนิทได้มาพบเขาอีกครั้ง และพบว่าเขาใช้พลังเวทได้ เพราะได้รับคำแนะนำจากฮาคาเสะที่ติดบนเกาะและรับเควสต่างๆ จากเธอ ซึ่งเธอจะช่วยค้นหาผู้ร้ายให้เขา ด้วยความรั้นของมาฮิโร่เพื่อนสนิท ประกอบกับความจลาจลที่เกิดจากเวทมนตร์ที่เกิดกับผู้เคราะห์ร้ายในหลายๆที่ ทำให้โยชิโนะตัดสินใจร่วมเดินทางไปกับมาฮิโร่ด้วย เพื่อต่อต้านกลุ่มของคุซาริเบะที่ต้องการจะปลุก Tree of Zetsuen (Tree of Exodus) เพื่อสร้างความโกลาหลให้แก่โลกใบ